نیسا از دو بخش تشکیل شده است: نیسای قدیم (Old Nisa) – ارگ سلطنتی و مرکز تشریفاتی – و نیسای جدید (New Nisa) – بخش شهری و اقتصادی. در نیسای قدیم، بقایای دیوارهای خشتی عظیم (با ضخامت ۸ تا ۹ متر و ارتفاع حدود ۱۲ تا ۱۵ متر) و برجهای مدور دیدهبانی از دوره شکلگیری اولیه دولت اشکانی (سده سوم پیش از میلاد) باقی مانده است.
کاوشهای باستانشناسی از سال ۱۹۴۷ توسط هیئتهای بینالمللی، بهویژه تیم ایتالیایی به سرپرستی آنتونیو اینورنیتزی (Antonio Invernizzi)، مجموعهای از یافتههای ارزشمند را آشکار کرده است، از جمله: کاخ یا «خانه مستطیلشکل» با تالار ستوندار و حیاط مرکزی؛ مجموعهای مرتبط با آیینهای مذهبی (که برخی پژوهشگران آن را معبد آتش میدانند)؛ خزانه سلطنتی شامل هزاران قطعه سفال، فلز، سنگ و عاج؛ و ظروف آیینی (Rhyta) با نقشبرجستههای تلفیقی یونانی-پارسی. این آثار نشاندهنده تعامل گسترده فرهنگی میان جهان هلنیستی و سنتهای پارسی در دوره اشکانی هستند.
یکی از مهمترین آثار کشفشده، جام عاجی نیسا (Nisa Ivory Rhyton) است که با صحنههایی از اساطیر یونانی (مانند دیونیسوس و آریادنه) تزئین شده و امروزه در موزه ملی ترکمنستان در عشقآباد نگهداری میشود. این اثر از شاخصترین نمونههای هنر درباری اشکانی و نماد تلفیق فرهنگی شرق و غرب در دوران باستان است.
معماری نیسا ترکیبی از دو سنت اصلی است: عناصر هلنیستی (ستونهای کورنتی و آیونیک، فضاهای ستوندار (Peristyle)، تزئینات اساطیری) و عناصر پارسی (استفاده گسترده از خشت خام، طاقهای جناغی، پلانهای درباری با حیاط مرکزی، و ساختارهای دفاعی پیچیده). تالار ستوندار نیسا با حدود ۱۲ ستون و مساحت تقریبی ۴۰۰ متر مربع، از بزرگترین فضاهای سرپوشیده دوره اشکانی در شرق به شمار میرود و احتمالاً کارکردی تشریفاتی و دیپلماتیک داشته است.
نیسا در سال ۲۰۰۷ در فهرست میراث جهانی یونسکو به عنوان «نمونه برجسته از خلاقیت فرهنگی اشکانی» ثبت شد. نیسا یکی از مهمترین نمادهای هویت تاریخی ترکمنستان و بخشی از میراث مشترک تمدنی منطقه اکو به شمار میرود.