بخش طبیعت در زیربنای موزه قرار دارد و بازدیدکنندگان را با عالم وحش، اقلیم، محل های ممنوعه، نمونه سنگها، پیدایش حیات در روی زمین آشنا می کند.
تاریخ باستان در طبقه اول و دوم قرار دارد که در آن نقشه جغرافیای تاجیکستان، آثار تاریخی و باستانی مربوط به عصر سنگی، شهرک سرزم، فرهنگ زرتشتی، انواع هنرها، سکههای زمان هخامنشی، یونان و باختر، کوشانی، ساسانی، بخارخداتی، سامانی، قرهخانی، چغتایی، تیموری و منغیتی و یادگارهای پنجکنت قدیم، ظروف، دیوارنگارهها به معرض دید گذاشته شده است.
طبقه دوم با آثار دوره سامانیان آغاز میشود و اشیای کشفشده از قلعه هلبوک، سفالگری، کتیبهها، مهراب چوبی اسکادر، کاشیکاری، مسگری، لوازم جنگی، خوشنویسی این بخش را زینت می دهند.
در تالار تاریخ نو، آثار مربوط به تاریخ معاصر تاجیکستان اعم از زمان اتحاد شوروی تا زمان جنگ جهانی دوم را فرا میگیرد.
در تالار ویژه آثارخانه هدایای اهداشده به رئیس جمهوری تاجیکستان به معرض دید گذاشته شدهاند.
در بخش هنرهای تجسمی، تابلوهای نقاشیهای مربوط به مناظر طبیعت تاجیکستان، مجسمههای ساخته هنرمندان تاجیک در طی 30 قرن گذشته تا به امروز مرحله به مرحله قرار دارند که مخاطبان با مراحل رشد این هنر از ابتدا تا به امروز آشنا میشوند.
آثارخانه ملی در مرکز شهر دوشنبه قرار دارد و همهروزه از ساعت 8 تا 18 برای بازدیدکنندگان باز است.